مناخ جواتيمالا مداري، وتتفاوت درجات الحرارة بصورة كبيرة من منطقة إلى أخرى بسبب اختلاف الارتفاع. يصل متوسط درجات الحرارة في الأراضي المنخفضة والسهول إلى حوالي 27°م مع تغيير فصلي طفيف. والمناخ معتدل في الوديان الجبلية التي يبلغ ارتفاعها ما بين 1,20IMG و1,80IMGم. ويترواح متوسط درجات الحرارة لهذه المنطقة سنويًا بين 16°م و21°م. ويحدث أحيانًا تجمد في الوديان العالية، ويصل متوسط درجة الحرارة فيها إلى 4°م.

ويتراوح منسوب الأمطار في الأراضي المنخفضة على المحيط الهادئ، وفي الأراضي المرتفعة الغربية ما بين 75 و150 سم سنويًا، وما بين 50 و75 سم، في الأراضي المرتفعة الشرقية. ويستمر موسم الأمطار في جواتيمالا عادة من مايو إلى ديسمبر، وتهطل الأمطار يوميًا خلال معظم هذه الفترة، ويصل معدلها في معظم السهول الشمالية من 20IMGسم إلى 380 سم سنويًا وتهطل الأمطار في هذه المنطقة معظم السنة.