وفدت الدفعات السكانية الأولى إلى جزر القمر أساسًا من قارة إفريقيا، ومن جزيرة مدغشقر، وكذلك من ماليزيا. ورغم ذلك فإن المؤرخين لا يعلمون إلا القليل عنهم، وعن تاريخ قدومهم إلى تلك الجزر. حكم السلاطين العرب جزر القمر، وكونوا منها ممالك مستقلة. وظل الحال كذلك نحو 40IMG سنة. وفي عام 1843م تمكنت فرنسا من حكم بقية الجزر، كما منح الفرنسيون سكان جزر القمر حكمًا ذاتيًا في عام 1961م.

في عام 1975م صوّت أهل أنجوان، وجزر القمر الكبرى، إضافة إلى سكان جزيرة موهيلي، على الاستقلال التام. لكن مايوت صوتت على بقائها تحت الحماية الفرنسية، واعترفت فرنسا باستقلال جزر القمر الثلاث، لكنها استمرت في حكم مايوت كأحد توابعها الخاصة. وفي عام 1976م جدد أهل مايوت تصويتهم مرة أخرى للإبقاء على الحكم الفرنسي.

تمكن عديد من الحكومات بجزر القمر من امتلاك بعض القوات لفترات زمنية قصيرة، خاصة بعد إعلانها الاستقلال. وفي عام 1978م كون أهل جزر القمر تشكيلاً حكوميًا جديدًا مكونًا من رئيس هو أحمد عبدالله عبد الرحمن، الذي انتخب رئيسًا لها في عام 1984م، ولم يحكم غير خمس سنوات إذ اغتيل في نوفمبر من عام 1989م، وبحلول شهر مارس من عام 1990م تم انتخاب رئيس آخر لجزر القمر هو سعيد محمد جوهر.