تكونت معظم الجزر بفعل النشاط البركاني، وماتزال قمة بركان كارتالا النشط الذي يبلغ ارتفاعه 2,361م فوق أكبر جزر القمر، وهي جزيرة القمر الكبرى.كما توجد أسفل القمم البركانية العديد من الهضاب والأودية التي كونتها الحمم البركانية، وتنتشر معها تكوينات البازلت في معظم أنحاء جزر القمر بارزة فوق منسوب سطح البحر، بحيث تبدو للقادم من مسافات بعيدة في المحيط الهندي، ويصل ارتفاعها أحيانًا إلى أكثر من 2,000م فوق سطح البحر.وتحصر تلك الكتل بينها وبين خط الساحل نطاقًا ساحليًا ضيقًا، تشغله المستنقعات التي تمتد على معظم خطوط سواحل جزر القمر. كما تتميز الجزر بانتشار الحواجز المرجانية من النوع الهامشي والحاجزي، وأكثرها تحيط بجزيرة مايوت التي تُعد أقرب جزيرة من جزر القمر إلى مدغشقر.

يتميز مناخ جزر القمر بالدفء والجفاف معًا، فيما بين شهري مايو وأكتوبر كذلك يمتد فصل المطر من نوفمبر إلى أبريل، وتمد الأمطار الغزيرة التي تسود تلك الفترة، سكان الجزر بحاجاتهم من مياه الشرب ذات المصدر الطبيعي، كما يقوم السكان باختزان المياه لتوفير احتياجاتهم منها على مدار السنة.

وتُعَدُّ الطبقات الجيولوجية مصدرًا آخر للمياه المختزنة، فهي تحتوي على قدر من الماء لا بأس به، يتميز بارتفاع منسوبه لدرجة اقترابه من سطح الأرض. وذلك نتيجة الضغط الهيدروليكي ما بين طبقة المياه الجوفية ومياه المحيط الذي تقع فيه جزر القمر.