قبل تولي قادة الجيش مقاليد الحكم في البلاد في أبريل 1999م، كان يترأس الحكومة في جزر القمر رئيس، يتم انتخابه لمدة زمنية تحدد بست سنوات. ويعين الرئيس رئيسًا للوزارة، كما يختار مجلس الوزراء، ويقع على عاتق كل من رئيس الوزراء ومجلس الوزراء تصريف شؤون الحكم. ويقوم الشعب بانتخاب هيئة تشريعية تعرف باسم المجلس الاتحادي، وتتكون من 43 عضوًا لمدة خمس سنوات.

ويُعَدُّ حزب الاتحاد القمري للتقدم، الحزب السياسي الوحيد لمجموعة الجزر، ويقابله من جانب آخر مجموعات معارضة تتخذ من فرنسا مركزًا لها.