كان المكان الذي تقع عليه جاكرتا الآن آهلاً بالسكان حتى في عصور ماقبل التاريخ. وتشير الدلائل التاريخية إلى وجود مملكة هندية ـ جاوية في القرن الرابع الميلادي. وفي القرن الحادي عشر الميلادي أصبح المكان ميناء اسمه سوندا كلبا. وفي عام 1509م زارت الأساطيل البرتغالية التجارية هذه المنطقة، وحاول البرتغاليون إنشاء مقر تجاري في سوندا كلبا سنة 1522م، وقبل أن يحقق البرتغاليون هذه الرغبة، قامت دولة بانتن المسلمة المجاورة بالاستيلاء على المنطقة وأعادت تسميتها.

وفي القرن السابع عشر الميلادي سمح أمير جاكرتا لشركة الهند الشرقية الهولندية ببناء مخزن في المدينة. وفي عام 1619م تولى بيترسزون كوون منصب حاكم عام ممتلكات الشركة في آسيا. وفي العام نفسه استولى على جاكرتا وأعاد الهولنديون تسميتها باتافيا. قاوم الهولنديون الهجمات من بانتن ومن ماتارام. وظلت باتافيا لمدة تزيد على 30IMG سنة قاعدة للتوسع الهولندي في جزر الهند الشرقية، وهو الاسم الذي كانت إندونيسيا تعرف به آنذاك.

وأقام الهولنديون مدينة على هذه الأرض المنخفضة التي تغلب عليها المستنقعات، وهي مدينة على غرار المدن الهولندية. فقاموا بتسوية سيليونغ وذلك لعمل قناة رئيسية، لكي تبحر السفن مباشرة إلى المستوطنات التي أقاموها. وقاموا أيضًا بشق بعض القنوات خلال المدينة وحولها. وعلى طول هذه القنوات بنوا بيوتاً من الطوب. غير أن هذه القنوات وعلى مر السنين أصبحت تلوثها القاذورات ومياه الصرف الصحي.

ساءت سمعة باتافيا وأصبحت واحدة من أقل مدن العالم مستوى من الناحية الصحية. وفي العشرينيات من القرن التاسع عشر كان يموت 320 شخصًا من كل 1,000 أوروبي من الذين يعيشون بها سنوياً. وعندما أوضحت التقارير أن البعوض يساعد في نشر الملاريا بالمنطقة، اتخذت الإجراءات لمنع توالده في المستنقعات المحلية. واستحدثت ترتيبات صحية انخفض على أثرها معدل الوفيات بشكل كبير. وبحلول القرن العشرين الميلادي انخفض معدل الوفيات حتى وصل إلى 30 فقط من كل 1,000 أوروبي.

ابتداءً من عام 1745م أصبح للحاكم العام منزل ريفي في تلال بوغر ذات الهواء العليل، وكان يعرفها الهولنديون باسم بوتنزورغ. وفي الثلاثينيات من القرن العشرين، قرر الهولنديون نقل عاصمتهم من باتافيا على الأراضي المنخفضة إلى باندونج، وهو مكان أكثر نظافة وصحة فوق التلال. غير أن تنفيذ ذلك تعثّر بسبب الغزو الياباني في سنة 1942م.

وفي أثناء الغزو الياباني للبلاد، غيّر اليابانيون اسم باتافيا إلى جاكرتا. وفي عام 1959م، اتخذت الحكومة الإندونيسية قرارًا بجعل جاكرتا العاصمة الدائمة للبلاد.