الجهاز التنفسي يمكِّن الثدييات من التنفس. ويتكون من رئتين وقنوات مختلفة تؤدي إلى فتحتي الأنف (المنخر). وهناك غطاء عضلي يُسمى الحجاب الحاجز يفصل بين التَّجويف الصّدري والتَّجويف البطني ويُساعد في عملية التَّنفس، ويوجد في الثدييات فقط. وفي معظم الثدييات تقع فتحتا الأنف عند مؤخرة المخطم. وعند الدلافين والحيتان تسمى فتحات الأنف بالثقوب الهوائية وتقع أعلى قمة الرأس. وفي الدلافين وبعض الحيتان توجد فتحة واحدة للأنف وإن كان لبعض الحيتان فتحتان.