وهي فروع طويلة للجذوع تنمو تحت سطح الأرض، لها طبقات الأنسجة نفسها التي تُكوِّن الجذع. تختص الجذور بتثبيت الشجرة في الأرض وامتصاص الماء والمواد المعدنية المذابة فيه من التربة. وتتفرَّع الجذور الرئيسية إلى جذور فرعية صغيرة تتفرع بدورها إلى جذور أصغر، وتبدأ الجذور الرئيسية في التفرع على عمق قد يصل من 30سم إلى 60 سم تحت سطح الأرض. وبعض الأشجار لها جذر رئيسي واحد أكبر من بقية الجذور، وهذا الجذر يسمى الجذر الوتدي ويمتد مستقيما إلى أسفل على عمق خمسة أمتار أو يزيد.

تُكوّن الشجرة ملايين الجذور الصغيرة. وكل جذر ينمو في الطول عند طرفه الرفيع، ومع نمو طرفه يدفع الجذر نفسه خلال دقائق التربة. وتنمو آلاف الشعيرات الجذرية الرفيعة البيضاء خلف طرف الجذر. وعندما يتصل طرف الجذر بقطرات من الماء في التربة، تمتص الشعيرات الجذرية الماء والعناصر المذابة فيه. وتحمل طبقة نسيج الخشب في الجذور والجذع والفروع هذا النسغ إلى الأوراق.

تنمو بعض الفطريات على جذور معظم الأشجار في علاقة مفيدة تسمى الجذور الفطرية. وتساعد هذه الفطريات الجذور على امتصاص الماء والعناصر الغذائية المذابة فيه. كما أنها تحمي الجذور من بعض الأمراض