نهر ميسوري أطول أنهار الولايات المتحدة. يبلغ طوله من منبعه في مونتانا حتى مصبه في نهر المسيسيبي 4,090كم. وتبلغ مساحة حوض نهر ميسوري نحو 1,371,10IMGكم². ويضم هذا الحوض عشر ولايات أمريكية أو أجزاء منها ومنطقتين إداريتين كنديتين.

عُرف نهر ميسوري منذ زمن طويل بكثرة الوحل والطين العالق بمياهه لدرجة أن الرواد الأوائل أطلقوا عليه اسم الموحل الكبير. أما المزارعون فقالوا عنه: إن مياهه ثقيلة القوام للشرب ورقيقة القوام للحرث. سمي النهر بهذا الاسم نسبة إلى قبائل ميسوري الهندية التي سكنت بالقرب من مصبه. تتكون منابع نهر ميسوري العليا من أنهار جيفرسون، وماديسون وغالاتن. تبدأ هذه الأنهار على شكل جداول صغيرة متدفقة من أعالي جبال الروكي في مونتانا وويومنج، ثم تلتقي وتكون نهر ميسوري قرب ثري فوركس بمونتانا.

لنهر ميسوري، كغيره من الأنهار، مجرى أعلى، ومجرى أوسط، وآخر أدنى. والأعلى مجرى صاف سريع متدفق من جبال غربي مونتانا، أما أواسطه فتبدأ أسفل الشلالات الكبرى، حيث يبتعد النهر عن الجبال ويتجه إلى السهول الكبرى. وتدفق المياه في أواسط نهر ميسوري أبطأ منها في أعاليه، ولكنها أشد كدرًا. أما حركة مياه النهر في مجراه الأدنى فهي بطيئة، ولكنها أكثر اختلاطًا بالطين. ويبدأ المجرى الأدنى من بعد عبوره مدينة يانكتون بولاية داكوتا إلى أن يلتقي مع نهر المسيسيبي.