مسجد قُباء. أول مسجد في الإسلام. بناه الرسول صلى الله عليه وسلم عندما وصل المدينة مهاجرًا، نزل فيه قوله تعالى: ﴿لمسجد أسس على التقوى من أول يوم أحق أن تقوم فيه﴾ التوبة: 107 . يقع في منطقة قباء جنوب غربي المدينة. أجريت به عدة توسعات على يد عبد الملك بن مروان ثم عمر بن عبد العزيز. كما جدد عمارته جمال الدين الأصفهاني وزير ابن زنكي ثم الناصر بن قلاوون والأشرف برسباي. سقطت منارته عام 877هـ وجددت في 881هـ. تم تعميره عدة مرات في عهد الدولة العثمانية. وفي العصر الحاضر أجريت به عدة توسعات في عهد الدولة السعودية.
مسجد القبلتين. يقع شمال غربي المدينة المنورة، سمي مسجد القبلتين لأن القبلة تحولت إلى المسجد الحرام (الكعبة) أثناء صلاة الظهر به، حيث تحولت قبلة الرسول صلى الله عليه وسلم ومن معه بعد ركعتين من صلاة الظهر إلى الكعبة. قال تعالى ﴿قد نرى تقلب وجهك في السماء فلنولينك قبلة ترضاها فول وجهك شطر المسجد الحرام﴾ البقرة: 144 . أجريت له عدة تحسينات وتجديدات عبر العصور المختلفة، وأولته حكومة المملكة العربية السعودية اهتمامًا كبيرًا بتجديده وتحسينه. كما تحوي المدينة العديد من المساجد التاريخية المهمة منها: مساجد الفتح وغيرها من المساجد.