المحكمة الكنسية محكمة أُقيمت للنظر في قضايا تورُّط فيها الكهنة النصارى. كذلك تنظر في موضوعات دينية تتعلق برجال الدين النصراني أو عامة الناس.

كان للمحاكم الكنسية في الأزمنة السابقة سلطات أوسع نطاقًا. استطاعت المحاكم الكنسية، على سبيل المثال، أن تحكم في قضايا تخص الطلاق والوصايا والبدع الدينية وكل القضايا التي يتهم فيها رجال الدين النصراني بجرائم إما دينية وإما دنيوية. اكتسبت بعض المحاكم الكنسية في بعض الدول الغربية سمعة سيئة. كان التحقيق أو الاستنطاق ـ وهو أحد أكثر أنواع المحاكم الدينية وحشية ـ قد بعث بكثير من الناس المتهمين بالبدع الدينية ليتم حرقهم على منصة يشدون إليها بالحبال.