المجهر الإلكتروني مجهر يستخدم شعاعًا من الإلكترونات بدلاً من أشعة الضوء لتكبير الأجسام. وقد أصبح المجهر الإلكتروني أداة هامة للأبحاث في علوم الأحياء، والكيمياء، والطب، والتعدين. استخدم العلماء المجهر الإلكتروني لرؤية الأشياء بالغة الصغر كالبكتيريا والفيروسات. وفي عام 1970م أخذت أول صورة لذرات منفردة للثوريوم واليورانيوم بوساطة المجهر الإلكتروني.

يستطيع المجهر الضوئي إبانة (إعطاء صورة واضحة) عينات ذات طول موجي أكبر من الطول الموجي للضوء (المسافة بين القمم المتتابعة للموجات الضوئية) . ويبلغ الطول الموجي المتوسط للضوء حوالي 5,000 أنجستروم والأنجستروم يساوي 1/10IMG,000,000 سم. وهكذا فإن المجهر الضَّوئي لايستطيع إبانـة العينـات التي يقل طولهـا عن 1/20,000 سم. ولرؤية أجسام أصغر حجمًا لابد من استخدام أطوال موجية أقصر. وتبلغ الأطوال الموجية للإلكترونات جزءاً من الأنجستروم، وبالتالي فإن استخدامها في مجهر يسمح برؤية أشياء بالغة الصغر. وتبلغ نسبة التكبير في المجهر الضوئي حوالي 2,000 مرة، وتزيد هذه النسبة في المجهر الإلكتروني حتى تصل إلى مليون مرة. وهناك نوعان من المجاهر الإلكترونية: مجهر إلكتروني نفاذ، ومجهر إلكتروني ماسح.