تعمل العضلات من خلال تنسيق مدهش لعدة عناصر. ولكن يحدث أحيانًا ارتباك للعمل الطبيعي للعضلات. فمثلاً يشعر الشخص أحيانًا بشد عضلي مؤلم لعضلات هيكلية معينة إذا قام بتمرينات شاقة لمدة طويلة. ويتضمن الشد العضلي للعضلات الهيكلية انقباضات عضلية تشنجية. ولا يعرف أحد بدقة لماذا يحدث مثل هذا الشد العضلي. ومن المحتمل أن يكون السبب زيادة أو نقص أكثر من اللازم في أملاح السائل المحيط بألياف العضلة. وبالراحة المناسبة والتغذية يستطيع الجسم تصحيح الوضع ويتوقف الشد العضلي. ويمكن أن يحدث الشد العضلي أيضًا في العضلات الملساء لأعضاء مثل المعدة والأمعاء. ويستخدم الأطباء الحرارة، والتدليك والأدوية في علاج الشد العضلي.
وقد يسبب العمل العضلي الشاق تمزُّق العضلات الهيكلية. وفي الحالات الشديدة يستمر التمزُّق حتى أربعة أيام. وسبب تمزّق العضلة غير مفهوم تمامًا، ولكن من المحتمل أن يكون بسبب تلف العضلة والنسيج الضام. وبالتمرين المناسب، يستطيع الجسم والعضلات التكيف للعمل العضلي الشاق، ويقل كثيرًا خطر تلف الأنسجة.

وتؤثر عدة أمراض على العضلات الهيكلية. ويوجد قسمان كبيران لأمراض العضلات هما: 1ـ أمراض ضمور العضلات 2ـ اعتلال العضلات. يهاجم مرض الضمور الجهاز العصبي بما في ذلك الأعصاب التي تنبه العضلات، ويؤدي إلى تلف هذه الأعصاب. وتكون النتيجة أن تنكمش العضلة تدريجيًا وتصبح ضعيفة. ومرض العَصبون الحركي، مثال لمرض الضمور. انظر: التصلب الجانبي العصبي. يحدث في اعتلال العضلات أيضًا ضعف عضلي لأن العضلة نفسها لا تعمل كما يجب. وتتميز بعض الاعتلالات العضلية، مثل مختلف أنواع الحثل العضلي بضمور تدريجي للعضلات الهيكلية.